A Szent Anna krátertó felszíne 220 ezer m², alakja közel kör alakú, medre, amely az egykori vulkán krátere volt, tölcsér alakú. A víz planktonmennyisége és sótartalma alacsony, ennek ellenére a fenékre lerakódott feketésbarna iszap miatt a tó zavarosnak tûnik.

A Szent Anna-tó vízgyûjtő területe kicsi, semmilyen kapcsolatban nincs a helyi vízrajzi hálózattal. A tavat főleg a csapadék táplálja. Nincs közvetlen lefolyása, a víz csak a föld alatt szivárog ki és bukkan fel források formájában a vulkán külső részén. Az évi csapadékmennyiség a tónál 600-700 mm/év, a lejtőkről lefolyó víz 1000-1500 mm, a víz párolgása pedig 500 mm körüli. Ezek szerint a vízszintnek évi 0.5 mm-el növekednie kellene, de a földalatti lefolyás miatt csökken. 1867-ben a legnagyobb mélység 12 méter volt, 1907-ben 8.5 méter, jelenleg pedig 7 méter. Ezt a folyamatot elősegíti a meder feltöltődése és a növényzet terjedése. Néhány évtized múlva a Szent Anna-tó előreláthatólag az egykori Mohos-tó sorsára jut, helyén nem marad más, csak egy láp.