În evul mediu a fost locuit de sasi. În timpul reformei protestante populatia a îmbratisat în majoritate varianta calvina a protestantismului, ceea ce a avut drept consecinta maghiarizarea treptata a populatiei germane. Aiudul a devenit unul din principalele centre calvine din Transilvania. Aiudul a fost cel mai important centru cultural-educational al calvinismului în Transilvania, principele Gabriel Bethlen deschizând în oras colegiul care astazi îi poarta numele.
Amintit documentar in 1302, Aiudul a fost unul din primele centre de colonizare saseasca din Ardeal.
În mijlocul orasului se pastreaza una din cele mai vechi cetati urbane din Transilvania (sec.XIII-XVI). De plan poligonal neregulat, construita din piatra bruta (grosimea zidurilor: 1,20 m), cetatea a fost întarita cu turnuri (al blanarilor, al macelarilor, al croitorilor etc), apartinând breslelor mestesugaresti al caror nume îl conserva.
În cetate se afla o Biserica Reformata-Calvina gotica (sec. XV-XVI), de tip biserica-hala cu trei nave, cu absida poligonala si turn pe vest, interiorul modificat baroc.
Pe latura de nord a cetatii se afla Palatul Voievoidal (sec.XVI-XVII), care a apartinut principelul ardelean Gabriel Bethlen (în anii 1612-1629). În palat functioneaza în prezent un muzeu de istorie.
La data de 13.martie 1704 Rabutin a incendiat orasul , in apararea acestuia jertfindu-se 30 de studenti ai colegiului. La data de 8.ianuarie 1849 tarani romani rasculati , condusi de Axente Sever si preotul Prodan Simion au incendiat orasul.Populatia nu credea ca romanii ,pana atunci pasnici, ar putea sa-i atace. In seara de 8 ianuarie, craciunul dupa calendarul iulian ,a inceput macelul ce a durat pana in data de 17 ianuarie , fiind ucisi circa 4000 de etnici maghiari. Mortii au fost aruncati in santurile cetatii, iar alta parte in varnita de langa cetate unde se afla si monumentul acestora.
În timpul regimului comunist în Romania, închisoarea din Aiud a fost locul de întemnitare a numerosi detinuti politici.