Prima atestare documentara a unei asezari pe teritoriul de astazi al Clujului a fost facuta de geograful grec Claudius Ptolemeu, care a mentionat aici una dintre cele mai însemnate localitati din Dacia romana, cu numele Napuca. Clujul a fost atestat documentar pentru prima data în anul 1167, sub denumirea Castrum Clus.
Rolul meseriasilor în muncile orasului a crescut, dezvoltându-se mai multe bresle mestesugaresti. De acest lucru s-a îngrijit si Matei Corvin, rege al Ungariei între 1458 si 1495, nascut aici. El a acordat o serie de 41 de privilegii localitatii sale natale, aparând-o în conflictele cu asezarile din jur. În privinta populatiei, a decis sa acorde unor iobagi dreptul de a se stabili în oras. Cetatea Clujului si-a câstigat pâna în secolul al XV-lea recunoasterea europeana. Arhitectura specifica europeana, stilul gotic târziu, se regasea în Biserica Romano-Catolica Sfântul Mihail, dar si în multe case particulare. Oamenii avuti studiau la scoli renumite ale Vestului. Din cauza nivelului de trai ridicat, clujenii nu au participat la rascoala lui Gheorghe Doja din 1514. Dezvoltarea comerciantilor si a mestesugarilor a implicat îngradirea nobilimii si a clerului. Un carturar sas, nascut la Sibiu, Gáspár Heltai, a contribuit nu numai la formarea culturii, dar si la modernizarea orasului, care avea sa întretina o tipografie, o baie publica, o fabrica de hârtie si una de bere. Dinastia Báthory a contribuit si ea la cresterea economica si demografica, aducând cetatea la un rang la care putea fi comparata doar cu Brasovul.
Baba Novac, un important ostas al lui Mihai Viteazul, a fost judecat si ars de viu în oras. Întemeietorul primei uniri a românilor, Mihai Voda, a cinat pentru ultima data la Cluj, dupa care a fost ucis din ordinul generalului Basta la 3 km sud de Turda.
Cu o populatie 10 660 de locuitori, cetatea se transforma în capitala Transilvaniei, lucru care duce la modernizarea acesteia, dar si la sporirea numarului locuitorilor români. Importantele miscari revolutionare de la 1848 cuprind si Clujul. Desi un important centru revolutionar, avea un statut contradictoriu, datorita nobilimii. Doctrina a cuprins tineretul de la facultati, academii si gimnazii, care s-au ocupat de popularizarea acesteia. Orasul va adaposti tratativele dintre Nicolae Balcescu si Cezar Bolliac pentru unirea revolutiei române cu cea maghiara. Înfrângerea revolutiei ungare a dus la instaurarea regimului absolutist. Capitala a fost mutata la Sibiu, pentru a exista o influenta austriaca mai mare asupra autoritatilor. Mai târziu, Clujul a devenit unul dintre cele sase districte militare transilvanene, administrând un teritoriu de 400 000 de locuitori. În a doua jumatate a secolului al XIX-lea, a fost construita cladirea centrala a Universitatii "Francisc Iosif" din Cluj.
Dupa încheierea primului razboi mondial si înfaptuirea Marii Uniri, Transilvania a intrat în componenta Regatului României. Municipiul Cluj a fost în continuare resedinta judetului Cluj (interbelic). În 1940, Clujul a revenit sub coroana maghiara prin Dictatul de la Viena.
Dupa 1945, Clujul a intrat în perioada guvernarii comuniste, pâna în decembrie 1989. În 1974, autoritatile comuniste schimba numele orasului în Cluj-Napoca.